Wyjaśnienia i sprostowania odnoszące się do artykułu „Czy to zmierzch Instytutu?” Polska Głos Wielkopolski, 30 listopada 2012 r.
1. Autorzy artykułu powołując się na „rozmówcę z MSZ" przytaczają dane dotyczące publikacji Instytutu pochodzące z audytu przeprowadzonego przez Ministerstwo. Audyt dotyczył głównie kwestii organizacyjnych i obejmował okres 01.01.2008-30.06.2011. W części opisującej współpracę IZ z MSZ, w tym publikacji na rzecz Ministerstwa, audyt nie dotyczył 2011 r. i w związku z tym nie może być źródłem podanych informacji.
2. Autorzy podają liczbę 136 opublikowanych „referatów" jako wynik prac w 2011 r. Po pierwsze, Instytut nie publikuje „referatów". Po drugie, należy zwracać uwagę nie na liczbę, a na charakter publikacji. Wśród efektów podejmowanych w Instytucie badań dominują: monografie (7), artykuły w czasopismach (36), redakcje prac zbiorowych (12) oraz rozdziały prac zbiorowych (33). Ponadto pracownicy Instytutu wygłaszali referaty na konferencjach (47). Należy zwrócić uwagę na fakt, iż zwiększa się liczba publikacji o charakterze międzynarodowym: opublikowano jeden artykuł w czasopiśmie z listy JCR, wydano dwie monografie zbiorowe w renomowanych zagranicznych wydawnictwach, zamieszczono 10 artkułów w monografiach wydanych w języku angielskim lub niemieckim.
Instytut Zachodni jest wydawcą czasopisma naukowego „Przegląd Zachodni" oraz współwydawcą wraz z Uniwersytetem w Poczdamie niemieckiego dwumiesięcznika „WeltTrends". Na stronie internetowej Instytutu publikowane są także „Biuletyny Instytutu Zachodniego". W 2011 r. ukazały się 23 numery „Biuletynu", w tym dwa wydania specjalne: zeszyt poświęcony 20. rocznicy podpisania Traktatu między Rzecząpospolitą Polską a Republiką Federalną Niemiec o dobrym sąsiedztwie i przyjaznej współpracy oraz zeszyty dotyczące niemieckiej opinii publicznej. Wybrane „Biuletyny" ukazywały się również w języku angielskim.
3. Nie jest prawdą, iż Instytut Zachodni otrzymał w 2011 r. 1,9 mln złotych z Ministerstwa Spraw Zagranicznych. Jako Instytut Badawczy IZ otrzymuje dotację statutową z budżetu nauki będącego w dyspozycji Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego. W 2011 r. jej wysokość wyniosła 1 880 023 zł, a MSZ jedynie raz wsparł działania IZ dotacją celową na organizację konferencji „Drogi pojednania. 20 lat traktatu między Rzecząpospolitą Polską a Republiką Federalną Niemiec o dobrym sąsiedztwie i przyjaznej współpracy".
4. MSZ otrzymuje zarówno zamawiane, jak i nie zamawiane ekspertyzy, wykonane przez pracowników Instytutu i nie jest prawdą, iż „nijak mają się do rzeczywistości". Sytuacja mniejszości serbołużyckiej w RFN była przedmiotem badań naukowych IZ w 2006 r. i nigdy nie powstała ekspertyza na ten temat. Ekspertyza dotycząca solidarności humanitarnej pt. „Kolejna Libia? Modelowa reakcja na konflikty. Wskazówki dla polskiej prezydencji" wykonana została na zamówienie MSZ. W latach 2009-2012 Instytut przekazywał MSZ ekspertyzy dotyczące takich tematów, jak: pozycja Związku Wypędzonych na niemieckiej scenie politycznej, rola Rosji w polityce Niemiec, polsko-niemieckie interesy i rozbieżności w UE, polityka zagraniczna koalicji CDU/CSU-FDP, pozycja prawna i majątek mniejszości polskiej w RFN, sytuacja Polaków w Niemczech, polskie inwestycje w Niemczech, konsekwencje wyboru J. Gaucka na urząd prezydenta RFN, relacje niemiecko-ukraińskie, wizerunek Polski i Polaków w Niemczech czy polityka polonijna.
5. Nie jest uprawnione porównywanie Instytutu Zachodniego i Polskiego Instytutu Spraw Międzynarodowych. PISM działa na podstawie własnej ustawy, IZ na podstawie ustawy o instytutach badawczych. PISM jest dotowany z części budżetu państwa dotyczącej spraw zagranicznych i członkostwa RP w UE kwotą ok. 9 mln zł rocznie, natomiast IZ - z budżetu nauki kwotą 1,9 mln zł w 2011 r. a 1,5 mln zł w 2012 r. Inne są także cele obu instytucji: PISM jest think tankiem, IZ prowadzi przede wszystkim działalność naukową - co wynika z zapisów ustaw regulujących działalność obu instytucji. Instytut Zachodni powinien być porównywany z podobnymi instytucjami prowadzącymi działalność naukową - zarówno akademickimi, jak i pozaakademickimi.